M 모드와 A모드의 측광 차이?

어제 꽃 사진을 찍는데 이전에 해질때 역광에서 사진을 찍으니 빛이 너무 강해서 색이 번지고 대비가 높아진다고 하니 같이 사진을 오래 찍으신 분이 수동 모드로 촬영해 봐라 하시더라구요.
그래서 어제 삼각대를 놓고 단지 A에서 M으로 변경하고 노출, 조리개를 동일하게 셋팅해 보니 셔속 값이 1/200 -> 1/250으로 변경되면서 조금 어두워 지더라구요. 바로 A->M->A->M 한자리에서 금방금방 바꿔밨습니다. 삼각대를 놓고 모드만 변경한 것이라 다른 요인은 없을 것으로 예상합니다.
여기서 궁금한점 모든 세팅이 같고 노출 값을 똑같이 맞추었는데 셔속이 차이나는 이유? 측광이 다른 이유가 무엇일까요?
그럼 위에 이유로 M모드에서 측광의 이점이 A 모드에 비해 더 좋다?
전 특별한 상황이 아니면 A모드로 촬영을 하는 편인데 정말 두 모드가 사진의 결과에 차이를 주는 걸까요?